云南省地处高原，是血栓形成和肺动脉高压的高发地。2018年12月11日，云南省阜外心血管病医院成立肺血管病房，成为云南省首个以诊治肺血管疾病为主的特色专科病房，并依托国家心血管中心、中国医学科学院阜外医院肺血管中心、血栓治疗中心的技术、管理和服务，建立了呼吸与肺血管内科，执行与中国医学科学院阜外医院同质化的建设标准，让省内患者足不出户就能面对面的接受北京肺血管专家的及时诊治。

在国家心血管病中心肺动脉高压专科联盟和中国医学科学院阜外医院的大力支持下，医院呼吸与肺血管内科在云南省内领先开展了溶栓导管脉冲输注系统在高危重症急性肺栓塞的应用；肺血管内 OCT 和 IVUS影像学检测,压力导丝FFR应用；经皮腔内肺动脉球囊成形术（BPA）；肝静脉楔压WHVP与肝静脉压力梯度HVPG测定和肺内分流声学超声的检测；肺灌注与通气显像（V/Q），为肾功能不全，妊娠和碘过敏患者筛查肺动脉血栓提供支持；床旁连续心排和肺动脉楔压测定，为抢救重症肺动脉高压与药物临床试验，提供数据支撑；前列环素类的药物静脉滴定与皮下微量泵转换以及桥接AP受体激动剂的切换护理操作；运动右心导管检查术；经皮腔内肺动脉去神经术（PADN）等多项技术，助力省内肺动脉高压诊断与治疗技术迈上新台阶。

2023年，医院被“国家心血管中心肺动脉高压专科联盟”专家组评定为云南省首家“国家心血管中心肺动脉高压专科联盟示范单位”并授牌。