传统的心血管疾病风险因素包括缺乏运动的生活方式，以及吸烟和不健康的饮食方式等。然而，过去的研究也发现睡眠不足与心血管疾病风险增加之间存在关联。这种风险适用于睡眠质量差的情况，例如夜班工人可能难以在白天获得安宁的睡眠。

根据哈佛大学的说法，心血管疾病是一个重要的公共卫生问题，全世界每年约有1770万人死于这种疾病。心血管疾病中的一个关键部分是动脉粥样硬化，这是一种通常由“斑块”积聚引起的动脉硬化。“斑块”可以由通常被称为“坏”的胆固醇组成，但是白细胞通过缠绕在连接“斑块”的纤维中而导致动脉变窄。

哈佛大学的研究着眼于睡眠剥夺如何导致心血管疾病风险增加。睡眠质量差和睡眠不足会减少hypocretin（一种蛋白质）的产生，这种蛋白质会促使血液中的骨髓产生一种叫做CSF-1的不同蛋白质。增加的CSF-1然后导致白细胞增加，这导致在睡眠剥夺的小鼠中具有更多白细胞的更大“斑块”的发展。

研究人员指出，当补充了hypocretin时，睡眠不足的小鼠经历了动脉粥样硬化的减少。然而，未来涉及人类而非老鼠的研究对于确定人们是否会因睡眠剥夺而产生类似的影响是必要的。

来自美国西弗吉尼亚大学医学院的研究者回顾了2005年参与国家健康采访研究中30397名受试者的数据。他们发现，那些每晚睡觉时间少于7个小时的人患心脏病的风险增加了。尤其是那些年龄在60岁以下、每晚睡眠时间少于5个小时的女性，她们患心脏病的风险增加了两倍。

此外，睡眠不足还会导致泌尿系统疾病、糖尿病、乳腺癌、结肠癌等疾病。

五年内睡眠不好，或睡眠不足（每晚少于5个小时），女性起夜（遗尿症）或尿失禁的风险就会增加80%~90%。有42%的女性将自己归为睡眠不安者，34%的男性属于此类。研究者推断，睡眠不足会引起炎症，这会导致一些泌尿问题。

根据2011年一项发表在《糖尿病》杂志上的研究，美国芝加哥大学和西北大学的研究者发现患有2型糖尿病的人如果晚上睡不好，他们的空腹血糖水平要高出9%，空腹胰岛素水平高30%，胰岛素抵抗水平高43%。患有失眠症的糖尿病患者情况要更糟糕，比起不失眠的糖尿病患者，他们的空腹血糖水平高出23%，空腹胰岛素水平高48%，胰岛素抵抗水平高82%。

日本东北大学医学研究院的学者研究了近24000名年龄在40~79岁之间的女性的数据，发现，那些每晚睡眠少于6小时的女性，患乳腺癌的风险要高62%，那些每晚睡眠多于9小时的女性患乳腺癌风险则降低28%。

2011年发表的一项研究中，有1240名受试者，美国凯斯西部大学的研究者从中发现，比起睡眠时间至少7个小时的人，那些每晚睡眠少于6个小时的人患结肠直肠息肉的风险高出47%。